微生物是對藥品原料、生產環境和成品造成污染的重要因素，也是造成生產失敗、成品不合格、對人類造成危害的重要因素。所以分離得到的污染微生物，進行微生物鑒定，是十分必要的，也可為檢驗和生產提供有效的依據。
1、形態學特征
(1)細胞形態
在顯微鏡下觀察細胞外形大小、形狀、排列等，細胞構造，革蘭氏染色反應，能否運動、鞭毛著生部位和數目，有無芽孢和莢膜、芽孢的大小和位置，放線菌和真菌的繁殖器官的形狀、構造，孢子的數目、形狀、大小、顏色和表面特征等。
(2)群體形態
通常是指以下情況的特征：
1）在一定的固體培養基上生長的菌落特征：包括外形、大小、光澤、黏稠度、透明度、邊緣、隆起情況、正反面顏色、質地、氣味、是否分泌水溶性色素等。
2）在一定的斜面培養基上生長的菌苔特征：包括生長程度、形狀、邊緣、隆起、顏色等;在半固體培養基上經穿刺接種后的生長情況。
3）在液體培養基中生長情況：包括是否產生菌膜，均勻渾濁還是發生沉淀，有無氣泡，培養基的顏色等。如是酵母菌，還要注意是成醭狀、環狀還是島狀。
2、生理生化反應特征
(1)利用物質的能力
包括對各種碳源利用的能力(能否以CO2為唯1碳源、各種糖類的利用情況等)、對各種氮源的利用能力(能否固氮、硝酸鹽和銨鹽利用情況等)、能源的要求(光能還是化能、氧化無機物還是氧化有機物等)、對生長因子的要求(是否需要生長因子以及需要什么生長因子等)。
(2)代謝產物的特殊性
這方面的鑒定項目非常多，如是否產生H2S、吲哚、CO2、醇、有機酸，能否還原硝酸鹽，能否使牛奶凝固、凍化等。
(3)與溫度和氧氣的關系
測出適合某種微生物生長的溫度范圍以及它的適生長溫度、zui低生長溫度和zui高生長溫度。對氧氣的關系，看它是否為好氧、微量好氧、兼性好氧、耐氧還是性厭氧。
3、生態學特征
生態學特征主要包括它與其他生物之間的關系(是寄生還是共生，寄主范圍以及致病的情況)。在自然界的分布情況(pH情況、水分程度等)、滲透壓情況(是否耐高滲、是否有嗜鹽性等)。
4、血清學反應
很多細菌有十分相似的外表結構或有作用相同的酶(如乳酸桿菌屬內各種細菌都有乳酸脫氫酶)。雖然它們的蛋白質分子結構各異，但在普通技術下(如電子顯微鏡或生化反應)，仍無法分辨它們。然而利用抗原與抗體的高度敏感特異性反應，就可用來鑒定相似的菌種，或對同種微生物分型。用已知菌種、型或菌株制成的抗血清，與待鑒定的對象是否發生特異性的血清學反應來鑒定未知菌種型或菌株。該法常用于腸道菌、噬菌體和病毒的分類鑒定。利用此法，已將傷寒桿菌、肺炎鏈球菌等菌分成數十種菌型。
5、生活史
生物的個體在一生的生長繁殖過程中，經過不同的發育階段。這種過程對特定的生物來講是重復循環的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。各種生物都有自己的生活史。在分類鑒定中，生活史有時也是一項指標，如黏細菌就是以它的生活史作為分類鑒定的依據。
6、對噬菌體的敏感性
與血清學反應相似，各種噬菌體有其嚴格的宿主范圍。利用這一特性，可以用某一已知的特異性噬菌體鑒定其相應的宿主。
7、細胞壁組分分析
細胞壁組分分析先應用于放線菌分類中，把它作為區分“屬”的依據。近年來，有人對18個屬的放線菌的細胞壁進行了分析，根據細胞壁的氨基酸組成，將其分為6個細胞壁類型，又根據細胞壁的糖的組成分成4個糖類型，在此基礎上，結合形態特征提出了相應的科屬檢索表。
8、紅外光譜
一般認為，每種物質的化學結構都有特定的紅外光譜，若兩個樣品的吸收光譜wan全相同，可以初步認為它們是同一種物質。因此，紅外光譜技術被應用到微生物的分類中。它先后對芽孢桿菌、乳酸菌、大腸桿菌、酵母菌進行分類，近年來又應用于放線菌分類中。
根據有關學者的試驗表明，這種方法簡便快速，樣品少，結果較好，不僅可以初步了解各屬菌的細胞成分的化學性質，同時也有助于微生物間系統發育關系的探索。它也有不足之處，借助于紅外線光譜區分屬內的種和菌株是困難的，可以作為“屬”的分類特征。
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